Odesa Bioinformatics Workshop

Привет всем, кому интересна биоинформатика! Мы проведём пилотную встречу-воркшоп, а в дальнейшем планируем собрать активное сообщество. Внизу есть FAQ, чтобы было легче разобраться, что происходит. 21 декабря вместе с Yuliya Sytnikova, постдок-исследовательницей из Harvard Medical School, мы используем общедоступные данные экспрессии генов (транскриптома) и повторим некоторые стадии анализа из исследования Peng et al. Sci. Reports 2015 (https://www.nature.com/articles/srep13413 ) для нахождения потенциальных биомаркеров рака и их характеризации. Наш план работы: 1. Мы узнаем стадии обработки данных секвенирования нового поколения (в данном случае RNAseq), используемые при обработке программы и типы файлов, получаемые при обработке; 2. Мы научимся загружать результаты геномных исследований из общедоступных баз данных для дальнейшего изучения; 3. Мы выявим и охарактеризуем дифференциально экспрессируемые гены, попробуем предсказать ключевые гены-регуляторы развития рака Для участия – при себе желательно иметь ноутбук, с установленными на нем: • Cygwin (если у вас Windows) - устанавливается бесплатно, см. https://cygwin.com/ • Rstudio – https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download (версии open source вполне достаточно) Мы позднее вам дадим более детальные инструкции для установки этих пакетов. FAQ, или что тут происходит: -Мне не совсем понятно, что мы будем делать. -Если коротко, то мы будем заниматься анализом геномных данных под руководством Yuliya Sytnikova. В начале мероприятия мы сделаем небольшую лекцию-разбор статьи, чтобы всем была понятна терминология, суть исследования и принципы. Если вы никогда не работали с геномными данными, но вам интересно, пусть вас это не пугает. -Мне нужно какое-то конкретное образование, чтобы начать обучаться биоинформатике? -На самом деле нет. Если вам нравится учиться и интересна геномика как одна из самых быстроразвивающихся сфер биотехнологии - вы можете присоединиться. -Как будет происходить воркшоп? -Сначала послушаем вводную лекцию, а потом, в зависимости от количества гостей, мы поработаем в малых группах. Лектор будет задавать ход работы и все вместе будем ему следовать. В случае вопросов или проблем, вы получите помощь как от других участников группы, так и от лектора. -Я хочу быть на связи и, в дальнейшем, присоединиться к сообществу, посещать мероприятия. Что мне делать? -Напишите Oleksandr Petrenko (@a_petrenko), он добавит в Telegram чат. -Что мне изучить, чтобы знать больше к ивенту? - https://www.facebook.com/events/1132641666900772/permalink/1134724600025812/